Die Geschichte der Katholischen Pfarrgemeinde St. Nikolaus im Oberharz beginnt im 13 Jahrhundert. Der Anfang war die Gründung Mönchssiedlung St. Matthias zur Zelle. Danach war über 400 Jahre lang das katholische Leben im Oberharz unterbrochen. Im Jahre 1869 gehörten zur Gemeinde 119 Katholiken. Bis zum Jahre 1869 wurden diese wenigen Katholiken vor allem aus Goslar betreut. Die neue Geschichte beginnt 1869. Am 17. Januar wandte sich der Clausthaler Oberbergrat Ulrich an den damaligen Hildesheimer Bischof Eduard Jakob mit der Bitte um Einrichtung einer Mission in Clausthal. Der Bischof sprach seine Bereitwilligkeit dazu aus, woraufhin am 07.September des gleichen Jahres Pastor Desinger als Vertreter der kath. Gemeinde Clausthal eine Bauerlaubnis zum Umbau eines Stallgebäudes zu einer Kapelle, sowie zum Bau von Glockenboden und Turm erteilt bekam. Und so wurde die erste Nikolaus Kirche gebaut. Eine feierliche Konsekration dieser Kirche ist nicht bekannt.
Am 11. Oktober 1870, ein Jahr später, wurde die Missionsstelle zur Pfarrei erhoben. Am 18. November 1870 wurde die Pfarrei staatlich anerkannt. Patron der Gemeinde wurde St. Nikolaus.
Die jetzige Kirche wurde in den Jahren 1960/1961 erbaut und am 2/3. Dezember 1961 konsekriert.
Wir haben auch 2 Filialkirchen erbaut durch Pfarrer Otto Nowak in Altenau im Jahr 1979 und Hahnenklee im Jahr 1975. Heute ist die katholische St. Nikolaus Pfarrgemeinde eine junge, aktive Pfarrgemeinde mit vielen Studenten aus Deutschland und dem Ausland. Sie ist auch ein zu Hause für viele Urlaubs- und Kurgäste.